В трудовом договоре с работником должен быть установлен график работы, режим работы и отдыха является обязательным условием для включения в трудовой договор.
Соответственно, сотрудник, в т.ч. и совместитель, должен выходить на работу в соответствии с установленным графиком. А работодатель должен вести учет рабочего времени, отработанного каждым сотрудником (ст. 91 ТК РФ).
Цитата: Табель по этим сотрудникам вообще не заполнялся, выплата осуществляется по факту выполненной работы и проводится в 1С : начисленно суммой
Несмотря на то, что в нарушение ТК РФ, вы не вели учет рабочего времени (табель), необходимо как то идентифицировать неявки сотрудника. Проанализируйте график сотрудника, какой режим работы ему установлен. От того, как вы квалифицируете эти невыходы на работу (выходные это дни, невыясненные неявки, прогулы, отпуска без сохранения зарплаты, др.), будет зависеть, учитывать эти дни или нет при расчете среднего заработка в соответствии с п. 5 Положения, утв. ПП №922.